Ngũ Phương Bảo Tháp được thiết kế theo mô hình ngũ phương Phật, gồm 5 tháp, tượng trưng cho 5 phương: Đông, Tây, Nam, Bắc, Trung tâm; 5 bộ: Bảo Bộ, Liên Hoa Bộ, Kim Cang Bộ, Nghiệp Bộ, Phật Bộ; 5 sắc: Xanh, Đỏ, Vàng, Trắng, Đen. Trong đó, tháp trung tâm gồm 9 tầng, cao 25,2m, bên trong đặt tượng Phật và cột kinh cao 4m, được lấy theo mẫu cột kinh Phật có niên đại từ 1000 năm trước tại chùa Nhất Trụ (Hoa Lư, Ninh Bình), với mong muốn nguyện cầu bình an cho muốn dân, cho đất nước… Bốn tháp xung quanh mỗi tháp gồm 5 tầng, cao 12,1m.